ある日突然地球に現れた黒色のゴーカイガレオン。時同じくして、エネトロン防衛のために出動した特命戦隊ゴーバスターズの前に立ちはだかったのは、かつて宇宙帝国ザンギャックから地球を守り抜いた海賊戦隊ゴーカイジャーだった。 だが彼等は、敵であるはずのザンギャックの新司令官バッカス・ギルらと手を組みゴーバスターズと敵対。全て揃うことで宇宙で最も強大な力が手に入ると伝わる、5つの幻のレンジャーキーを巡る争奪戦が展開される中、そのレンジャーキーの力によって生じた時空の歪みに巻き込まれ、ゴーバスターズとゴーカイジャーは様々な時代へと散り散りになってしまう。 元の時代へ戻るべく、そして幻のレンジャーキーを回収すべく彼等が奔走する一方、ザンギャックはヴァグラスとも手を組み総攻撃の準備を着々と進めていく。果たしてザンギャックと組んだゴーカイジャーの真意はどこにあるのか?そして幻のレンジャーキーの持つ力とは如何なるものなのか?